办公室职责
协助局领导组织、协调机关日常工作；负责机关规章制度建设；负责机关文秘、信息、宣传、档案、保密、机要、通信工作；负责机关信访、目标责任制、提案办理工作；负责机关财务工作。
人事处
负责全局的机构编制、人事管理、教育和培训以及社会保险工作；负责指导水务系统劳动保护、安全生产和队伍建设；负责全局离退人员的管理工作。
计划财务处
拟定全市水务发展中长期规划和年度计划；负责市属水工程基建项目建议书，可行性研究报告和初步设计报告的编制、审查工作；负责水利综合统计工作；负责全市水务系统的财务、会计的管理，对水务资金的使用和管理进行监督检查；提出有关水务的价格、税收、财务等经济调节意见。
水政渔政处
拟定全市水政、渔政法制建设规划；组织起草水政、渔政管理规章和政策；实施指导水政渔政监察和执法；承办局行政复议、行政诉讼、行政赔偿工作；组织、指导全市水务系统水政、渔政法律宣传工作、协调并仲裁水事和渔事纠纷。
建设管理处
负责全市水利工程、供水工程、排水工程、污水治理工程的建设质量监督和安全监管；负责全市水务工程建设、监理、行业管理、造价管理及从业人员的资质标准和资格的审核；负责全市水务科技工作的管理与指导，组织指导全市水库、水电站大坝的安全监管。
农村水利处
研究拟定全市农村水利的政策；编制和实施农村水利发展规划和年度计划；承担全市的抗旱工作；组织和实施全市村镇供水、节水和人畜饮水工作；组织指导全市农田水利基本建设和社会化服务体系建设；负责农田水利补助费的审核、审批工作。
水产处
编制水产的中长期规划和年度计划；协调市、县（区）水产产业化及有关单位的新品种引进、繁育、技术推广、技术培训等工作。
城市水务处
组织指导全市计划用水、供水、排水、节水、污水治理以及城镇供水水源的规划工作；编制全市供水、排水、节水、污水治理中长期计划及年度计划；监测供水水源的水量、水质；负责全市供水企业的资质审定，供水企业的停水申请以及公共供水设施的改装，拆除或者迁移的审批工作。
机关党委
在市直机关党工委的领导下，局党组的指导下，主持机关党委日常工作；协助局领导完成各项工作任务，定期向市直机关工委、局党组汇报、请示工作。组织拟定党委年度工作方案，提出工作目标，活动计划；负责局机关及所属单位党组织、党员的思想、作风和廉政建设，根据不同时期党的中心工作，领导和组织机关及直属单位党组织及党员开展活动；负责机关党委和基层党组织的自身建设，主持党委的政治学习、组织生活、换届选举，完善党委的各项工作制度，定期主持召开党委会，党支部书记会、党员大会等；在局纪检组指导、安排下，具体抓好系统行风建设、纠正行业不正之风、综合治理及案件的处理工作，对系统内出现的违章、违纪现象和个人实行监督检查，并提出处理意见；领导和指导工会、共青团、妇联工作。做好统战工作。
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