办公室：办理机关日常政务和行政事务；负责新闻宣传、信息发布、统计等工作；负责局机关及所属单位财务管理和审计监督工作。
政策法规处：组织宣传并监督实施国家、省有关药品和医疗器械监督管理工作的法律、法规及行政规章；负责行政执法监督和行政执法文书审核；负责组织行政复议、听证及行政诉讼应诉工作；负责受理药品、医疗器械质量投诉、举报工作。
机关党总支：负责局机关及所属单位的党群工作。
监察处：负责纪检和行政监察工作。
人事教育处：负责局机关及所属单位、派出机构的机构编制和干部人事等工作；负责执业药师和从业药师的日常管理；组织实施药品监督管理人员的继续教育、岗位培训；负责离退休干部的管理。
药品注册与安全监管处：负责对医疗机构制剂品种的审查；负责药包材注册的审查；负责申办药品生产企业、医疗机构制剂室资格审查；监督实施药品生产质量、医疗机构制剂配制质量管理规范；监督实施处方药、非处方药分类管理制度；实施药品再评价和不良反应监测；依法监管麻醉药品、精神药品、医疗用毒性药品、放射性药品；查处日常监督管理工作中发现的违法违规行为。
市场监督处：负责对申办药品批发企业资格的审查，审批药品零售企业并核发药品经营许可证；监督实施药品流通法律、法规；负责流通领域处方药与非处方药分类管理工作；监督实施药品经营质量管理规范；查处日常监督管理工作中发现的违法违规行为。
医疗器械处：负责监督实施医疗器械法定标准和产品分类管理目录；负责对医疗器械生产、经营企业进行审查，核发一类医疗器械注册证；实施医疗器械再评价和不良反应监测；负责医疗器械研究、生产、流通、使用的监督管理；组织实施医疗器械抽验工作；查处日常监督管理工作中发现的违法违规行为；负责医疗器械质量投诉、举报的查处。
稽查处：负责辖区内药品、经营和使用的稽查工作；依法查处制售假、劣药品和医疗器械的行为；负责药品质量投诉、举报的查处；组织实施药品抽验工作。
食品安全处（市食品安全委员会办公室）：负责承办、督办市食品安全委员会决定事项；定期发布食品安全工作动态信息；综合协调全市食品安全联合“打假”行动；督查、评价市食品安全委员会成员单位食品安全监管责任的落实情况；承办市食品安全委员会召开的各种会议；负责市食品安全委员会交办的其他事项及日常工作。
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